ปัจจุบันสถาบันอุดมศึกษามีอิสระและสามารถพัฒนาระบบบริหารจัดการที่มีความคล่องตัวมากยิ่งขึ้น ถ้าสถาบันอุดมศึกษาต่างๆ ขาดการจัดการและการกำกับดูแลกิจการที่ดีตามหลัก ธรรมาภิบาล ( Good Governance ) โดยไม่มีระบบการควบคุมภายในที่เหมาะสม ขาดการประเมินความเสี่ยงและไม่มีการดำเนินการบริหารความเสี่ยงให้อยู่ในระดับที่เหมาะสมได้แล้ว โอกาสที่จะเกิดความผิดพลาดในการดำเนินงานย่อมมีมากขึ้น

เพื่อเป็นการเสริมสร้างความเข้มแข็งในการกำกับดูแลและควบคุมตนเอง ของสถาบันอุดมศึกษาตามหลักธรรมาภิบาล ( Good Governance ) รวมทั้งเพื่อเสริมสร้างความน่าเชื่อถือ และความมั่นใจต่อสาธารณะชนโดยเฉพาะผู้มีส่วนได้เสียกับมหาวิทยาลัย ต่อการดำเนินการตามนโยบาย ยุทธศาสตร์ และผลงานของมหาวิทยาลัย ว่าได้มีการตรวจสอบและกำกับดูแลอย่างรอบคอบถึงความมีประสิทธิภาพ ประสิทธิผลและเกิดความคุ้มค่า คุณภาพของการบริหารงาน รวมถึงความโปร่งใส ( Transparency ) ตรวจสอบได้ ( Accountability ) มีความรับผิดชอบต่อสังคม ( Responsibility ) และการมีส่วนร่วมของสังคม ( Participation ) จึงเห็นสมควรจัดตั้งสำนักตรวจสอบภายใน และให้รายงานผลการดำเนินงานต่อสภามหาวิทยาลัย โดยมีวัตถุประสงค์เพื่อ กำกับดูแลระบบการตรวจสอบภายในและเสนอแนะมาตรการการควบคุมภายในที่มีประสิทธิภาพ ประเมินความเสี่ยงในการบริหารและดำเนินงานรวมถึงการสอบทานและวิเคราะห์งบการเงิน